Vīruss Latvijā piedzīvojis vismaz četras mutācijas 1
Vīruss, kas izraisa slimību Covid-19, uz Latviju atvests no vairākām vietām pasaulē, kā arī jau savā izplatības sākumposmā Latvijā tas paguvis izmainīties. Tā secinājuši Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centra pētnieki pēc marta sākumā no četriem Latvijas iedzīvotājiem iegūtu SARS-CoV-2 vīrusa paraugu ģenētiskās sekvencēšanas.
“Mēs esam atraduši vismaz četras vai piecas vīrusa mutācijas, kādas līdz šim pasaulē nav aprakstītas, un tās ir raksturīgas tikai šiem Latvijas pacientiem,” pastāstīja Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centra direktors Jānis Kloviņš.
Divi vīrusa paraugi no Latvijā konstatētajiem ir tādi, kas vairāk dominē Vācijā, viens izplatīts Francijā,
bet vēl viens, visticamāk, pie mums nokļuvis tiešā ceļā no Ķīnas.
Kopumā līdz šīs nedēļas sākumam Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā (BPSC) sekvencēti jau 36 paraugi, kas iegūti no jaunā koronavīrusa infekcijas pacientiem mūsu valstī, taču datu apstrāde prasīs vēl vairākas dienas.
Sekvencēšana ir molekulārās bioloģijas pētniecības metode, ar kuru tiek noskaidrota gēnu struktūra ģenētiskajā materiālā un izveidots genoms. Vīrusu sekvencēšanas mērķis ir saprast, kā norit slimības Covid-19 infekcija Latvijā. “Tā nav tikai ziņkārība. Jebkurš vīruss ātri mainās. Šīs daudzās izmaiņas – vai nu formā, vai īpašībās – nosaka vīrusa straujā vairošanās.
Ja salīdzina ar cilvēka mūžu, kurš ir vidēji 60 gadu, vīruss dzīvo vienu stundu. Proti, viņam vajag tikai stundu, lai vienu paaudzi nomainītu nākamā. Tas nozīmē, ka vienas infekcijas laikā cilvēkā nomainās ļoti daudzas vīrusu paaudzes, un vīruss, pārejot uz jaunu cilvēku, jau ir citādāks, nekā bija iepriekš. Tā genomā ir notikušas mutācijas,” skaidro J. Kloviņš.
Veicot vīrusu sekvencēšanu, iespējams ļoti labi izsekot līdzi tam, kā notikusi inficēšanās no cilvēka uz cilvēku.
“Tā ir kā vīrusa pase, kurā katrs nākamais solis tiek reģistrēts, vienlaikus genomā saglabājas informācija arī par visiem iepriekšējiem soļiem. Tāpēc mēs labi varam izsekot, no kurienes šis vīruss ir atnācis līdz Latvijai.”
Piemēram, ja vīrusu sekvencēšana būtu bijusi pieejama pirms Covid-19 uzliesmojuma “Zilā krusta” patversmē Rīgā, tad epidemiologiem būtu vienkāršāk noskaidrot, no kurienes vīruss tur nonācis. J. Kloviņš uzsver, ka ļoti būtiski vīrusu sekvencēšanu veikt slimnīcās, lai saprastu, vai infekcijas izplatībā vainojami kādi neapzinīgāki pacienti vai tā tomēr ir sistēmas problēma.
“Vīrusa genoms dod ļoti daudz informācijas, tostarp tas varētu palīdzēt pieņemt lēmumus par ierobežojošo pasākumu atcelšanu vai tieši pretēji, pastiprināšanu, ja, piemēram, zinām, ka inficēšanās ceļš vairāk saistīts ar slimnīcām vai ar sabiedriskiem pasākumiem un tamlīdzīgi.”
Pētnieks pārliecināts, ka ar jaunā vīrusa uzliesmojumiem jārēķinās arī nākotnē. Vīrusu sekvencēšanā iegūtie dati ļautu saprast, vai vīruss ievests no kādas citas vietas vai, arī Latvijā kaut kur eksistējis infekcijas perēklis, kurš nav bijis līdz galam izskausts. “Tas dos iespēju ļoti ātri reaģēt,” piebilst J. Kloviņš.
Ļauj monitorēt vīrusa attīstību
Sekvencēšana ilgst piecas dienas, pēc tam dienu divas jāveic datu apstrāde. Līdz šim BPSC jaunā vīrusa sekvencēšanu veicis, pārbaudot savas tehniskās iespējas. Nākotnē plāno pētniecību veikt mērķtiecīgāk, analizējot gadījumus, kas no epidemioloģiskās situācijas kontroles viedokļa vairāk interesē Slimību profilakses un kontroles centru.
“Pirmie četri sekvencētie paraugi ievākti pašā infekcijas sākumā – 5. martā. Līdz ar to nevaram gaidīt kaut ko īpašu. Tie ir no Gulbja laboratorijas, kas ātri reaģēja uz mūsu aicinājumu un iedeva tos. Mēs redzam, ka vīruss Latvijā ir ieceļojis no dažādām vietām – Vācijas, Francijas, Ķīnas, kas ir ļoti tuvs vīrusa sākotnējam variantam. Tāda ir pagaidu informācija.” J. Kloviņš norāda, ka vīruss Latvijā ir sācis izmainīties. Tiesa, pagaidām pēc mutācijām nevar pateikt, vai vīruss kļūst agresīvāks vai vājāks.
Viena parauga reaģentu izmaksas – 300 eiro
Līdz šim BPSC vīrusu sekvencēšanu, lai nekavētu laiku, veic par saviem līdzekļiem. Viena parauga sekvencēšana izmaksā 300 eiro, nerēķinot darba izmaksas. “Cilvēki pašaizliedzīgi strādā, tās ir reaģentu izmaksas,” skaidro J. Kloviņš. Pašlaik pētnieki varētu nodrošināt vīrusu sekvencēšanu apmēram 1000 pacientiem Latvijā.
“Mēs strādājam arī pie lētāku metožu izvēles, taču tās ir jau ar daudz ierobežojumiem,” atzina J. Kloviņš. “Ar tām vairs nevar iegūt pilnu vīrusa genomu. Nevar iegūt informāciju, kas bijis apkārt vīrusam.
Ar dārgāko metodi var analizēt arī baktērijas deguna gļotādā, kas sniedz informāciju par faktoriem, kas ietekmē smagāku vai vieglāku slimības gaitu.”
Pārslimojušos aicina nodot paraugus
Jaunā koronavīrusa genoma pētniecība ir tikai daļa no Latvijas zinātnieku piedāvājuma cīņā ar pandēmiju. BPSC kopā ar citām Latvijas zinātniskajām iestādēm veido kopīgu Covid-19 izpētes platformu, lai ar saviem pētījumiem ieliktu artavu kopīgā cīņā pret šo slimību.
“Mēs noteikti sniegsim valdībai, Saeimai priekšlikumus, ko zinātnieki var darīt,” uzsvēra J. Kloviņš, kurš ir arī Latvijas Zinātnes padomes priekšsēdētājs. “Visticamāk, jau šonedēļ sāksim ievākt bioloģiskos paraugus no slimniekiem, lai tos pētītu. Centīsimies iegūt paraugus no stacionētajiem pacientiem, kuriem ir vissmagākā slimības gaita, lai saprastu, kā palīdzēt viņu ārstniecībā.”
Valsts iedzīvotāju genoma datubāze jau šobrīd aicina cilvēkus, kas pārslimojuši Covid-19, ziedot savu paraugu, piemēram, asinis, fēces vai urīnu pētniecībai. Analizējot šos paraugus, iespējams atklāt, kas nosaka cilvēka uzņēmību pret vīrusu, kā šo uzņēmību ietekmē cilvēka imūnsistēma. Iespējams noskaidrot, kādas bioloģiskās īpatnības nosaka vieglāku vai smagāku slimības norisi. Šīs zināšanas var palīdzēt izstrādāt efektīvus Covid-19 novēršanas un ārstēšanas veidus, izveidot jaunus medikamentus un vakcīnas.
