Rietumu baznīcas galva asi nosodīja Rīgas bīskapa rīcību. 1232. gada 5. februārī pāvests par Rīgas bīskapu un viņa rīcību Kursā rakstīja: ”Cilvēku naidnieka [sātana] ietekmē bīskaps Nikolajs jauno baznīcas stādiņu, kas bija atbrīvots no velna verdzības, tagad pakļāvis savai verdzībai.” Pāvests norādīja, ka šāda rīcība ir bīstama baznīcai, jo tā spiež jaunkristītos ķerties pie ieročiem un atbaida tos, kas vēl nav kristījušies. Vairākos apkārtrakstos pāvests deklarēja, ka šķīrējtiesa, kas lēmusi par Kursas sadalīšanu, nav bijusi likumīga un 1232. gada 3. februāra bullā pavēlēja, lai bīskaps, zobenbrāļi un Rīga atsakās no Kursas, Zemgales un Sāmsalas, kā arī nodeva Kursu Alnas Balduīna personīgā pārvaldē. 28
1234. gada 14. februārī pāvests apstiprināja abus Alnas Balduīna līgumus ar kuršiem. Līdz ar to līgumi stājās spēkā pilnībā. Apstiprinājuma rakstos kurši jau dēvēti nevis par pagāniem, bet jaunkristītajiem, kas netieši liecina, ka viņi jau bija pieņēmuši kristietību.
Jaunais Zemgales bīskaps Balduīns apmetās Mežotnes pilī. Sākotnēji Rīga, bīskaps un ordenis atteicās no pretenzijām uz Kursu, pēc tam Balduīns pāvesta vārdā Kursā piešķīra lielus lēņus Rīgas namniekiem, kuriem bija jāievēro uz lēņa zemes dzīvojošo kuršu brīvība, un nepiešķīra tiesas varu.
1233. gadā saspīlējums starp pāvesta piekritējiem un pretiniekiem pārauga bruņotā konfliktā. Rēveles (tagad Tallinas) pilsētā ordenis uzbruka pāvesta vasaļiem, nogalināja vairāk nekā 100 vīru, tostarp arī tos, kuri meklēja patvērumu baznīcās un kapsētās, bet 200 vasaļus sagūstīja un atbrīvoja tikai pēc lielas izpirkuma naudas samaksāšanas. Zemgalē zobenbrāļi sakūdīja pret legātu vasaļus un svētceļniekus, un viņam nācās meklēt patvērumu Daugavgrīvas klosterī.
Lai novērstu plašāku konfliktu pašu krustnešu starpā, 1234. gada 9. februārī Gregors IX atbrīvoja Alnas Balduīnu no legāta posteņa un anulēja visas viņam piešķirtās pilnvaras. Par jauno legātu iecēla Modēnas bīskapu Gviljelmo, kurš atbalstīja jaunkristīto zemju sadalīšanu to kungu starpā, kuri tās bija iekarojuši. 1234. gada vasarā legāts Modēnas Gviljelmo nodibināja Kursas bīskapiju un par bīskapu iecēla Engelbertu, kurš vienojās ar ordeni par Kursas sadalīšanu.
Pāvests tomēr atzina ordeņbrāļus par vainīgiem un pavēlēja ordenim atdot atpakaļ Dānijas karalim Rēveli un Ziemeļigauniju, kā arī atlīdzināt viņam nodarītos zaudējumus. Par Kursas atdošanu pāvesta vēstulēs nekas nebija teikts, tādēļ baznīcas galva netieši atļāva Kursā brīvi rīkoties Zobenbrāļu, bet vēlāk arī Livonijas ordenim. Jāuzsver, ka dokumentos nekas nenorāda uz pāvesta un kuršu slēgto līgumu atcelšanu vai grozīšanu, faktiski tie nekad nav atcelti un būtībā savu juridisko spēku nav zaudējuši līdz pat mūsdienām. Līgumos, lai arī ne gluži pilnīgi, tomēr atklājas kuršu valsts iezīmes: kuršu pilsnovadu konfederācijām bija noteikta teritorija un pārvalde – pilsnovadu pārstāvju padome.
Minēto līgumu gars tomēr atklājās nākamajā līgumā, kas uz vairākiem gadsimtiem noteica kuršu attiecības ar jauno zemeskungu – Livonijas bruņinieku ordeni. Livonijas ordenis kuršu zemēs sāka nostiprināties ar 1242. gadu, kad uzcēla Kuldīgas pili – nozīmīgāko ordeņa centru Kursā. Pēc Livonijas ordeņa sakāves kaujā pie Durbes 1260. gadā lietuviešu atbalstītie Dienvidkursas iedzīvotāji sāka karu pret ordeni. Cīņas noslēdzās 1267. gadā ar miera līgumu, ko ordenis slēdza ar visas Kursas vecajo padomi. Līgumā daudzviet minēta dažādu privilēģiju piešķiršana kuršiem, ar ko jaunais zemeskungs acīmredzot cerēja iegūt kuršu lojalitāti.
Tādējādi kurši bija atbrīvoti no kara laupījuma desmitās tiesas došanas un varēja likumīgi paturēt daļu no bojā gājušo kuģu mantām. Katru vietu, kur kursis apmetās uz dzīvi, viņš varēja paturēt kā mūžīgu mantojumu, turklāt ieguva plašas mantošanas tiesības – līdz ceturtajai radniecības pakāpei. Kuršu klaušas un nodevas zemeskunga labā bija niecīgas. Aktīvā kuršu piedalīšanās ordeņa karagājienos vēlākajos gadsimtos liecina, ka ordenim bija izdevies panākt kuršu lojalitāti ar līgumiem un attieksmi.
