Nenospēlētā loma 0
1972. gadā Džonatans uzsāka romānu ar franču izcelsmes aktrisi un modeli Maršelīnu Bertrānu, ar kuru drīz apprecējās. Tās bija viņa otrās laulības. (1962. gadā viņš apprecējās ar aktrisi Loriju Pītersu, ar kuru izšķīrās 1967. gadā.) 1973. gadā viņiem piedzima dēls Džeimss (vēlāk viņš pieņēma uzvārdu Heivens), bet 1975. gadā – meita Andželīna.
1978. gadā Džonatans nofilmējās vienā no visnozīmīgākajām savas karjeras filmām – Hela Ešbija filmā “Atgriešanās mājās”. Viņš attēloja paralizētu Vjetnamas kara veterānu, un viņa partnere bija Džeina Fonda. Gan viena, gan otra darbu novērtēja ar “Oskaru” un “Zelta globusu”. Taču personiskajā dzīvē situācija bija gluži citāda. Viņš izšķīrās ar Bertrānu.
Andželīna kopš bērnības vainoja tēvu par to, ka viņš krāpa viņas māti un pameta ģimeni, kad viņai vēl nebija apritējis gads. Kad 11 un 12 gadu vecumā Andželīna mitinājās tēva mājās un apmeklēja teātra skolu Losandželosā, Džonatans pavadīja kopā ar meitu daudz laika, jo centās nolīdzināt savu vainu par šķiršanos ar viņas māti.
Neskatoties uz to, ka Andželīna bieži parādījās kopā ar tēvu uz sarkanā paklāja, realitātē viņu attiecības nebija tik košas. Viņa tomēr īsti nespēja piedot tēvam aiziešanu no ģimenes. 2000. gadā viņa mēģināja ar tēvu atkal satuvināties, uzaicinot kopā filmēties “Larā Kroftā”. Mēģinājums neizdevās. Abi allaž atrada iemeslus, lai uzsāktu strīdu. Beigās Andželīna nolēma, ka abiem būs labāk ieturēt distanci. Pēc šā incidenta Andželīna nolēma pilnībā atteikties no tēva uzvārda. Agrāk viņas pilnais vārds bija Andželīna Džolija-Voita, bet kopš 2001. gada viņa to oficiāli atmeta, kļūstot par Andželīnu Džoliju.
Abi neuzturēja nekādus kontaktus astoņus gadus. 2002. gadā Džonatans publiski paziņoja, ka viņa šķiršanās radījusi nopietnus traucējumus meitas psihē, un vēl piebilda, ka “viņa nekad nav bijusi normāla”. Kādā citā intervijā viņš nekādi nespēja atcerēties, kā sauc Andželīnas adoptēto meitenīti. “Šī meitenīte, kā viņu sauca… Šakira… ” viņš mēģināja minēt. (Patiesībā adoptēto meitenīti sauc Zahara.) Tikai pēc Andželīnas mātes nāves 2007. gadā abi atkal mēģināja tuvināties. Breda iedrošināta, viņa uzaicināja Džonatanu piebiedroties viņas ģimenei atpūtas braucienā uz Venēciju. 74 gadus vecais Džonatans jutās patiesi laimīgs.
Tomēr tēvu uz savām kāzām ar Bredu viņa neuzaicināja. Džonatans teica presei: “Es domāju, tās bija brīnišķas kāzas, un esmu ļoti priecīgs par savu meitiņu. Noteikti vakarā piedalījās viņas mazuļi, domājams, viņi lieliski izpriecājās un lieliski pavadīja laiku. Esmu par viņiem laimīgs.”
