Aresti, konfiskācija un nogalināšana 21
1521. gadā karalis Manuels I nomira un tronī kāpa viņa vecākais dēls Žuans III. Viņš apprecējās ar Spānijas karaļa Kārļa V, kurš bija kaismīgs inkvizīcijas atbalstītājs, meitu Katrīnu, ar kuru kopā Lisabonā ieradās liels skaits azartisku dominikāņu. Spāņu radinieku ietekmē jaunajam monarham nekas cits neatlika kā iedibināt inkvizīciju arī Portugālē. Tiesa, viņš vilcinājās un tikai 1531. gadā vērsās pie Romas pāvesta ar attiecīgu lūgumu. Gada beigās pāvests Klements VII izdeva bullu, ar kuru noteica inkvizīcijas dibināšanu Portugālē, bet par lielinkvizitoru nozīmēja Diogu da Silvu.
1532. gada 14. jūnijā, tūlīt pēc tam, kad bija publicēta pāvesta bulla, acumirklī sākās Portugāles “jaunkristiešu” masveida aresti un viņu mantas konfiscēšana. Tad pēkšņi mīklainā kārtā no sava amata atteicās Diogu da Silva, un karalis atkal bija spiests vērsties ar lūgumu pie pāvesta, lai viņš ieceļ jaunu lielinkvizitoru. Taču Portugāles “jaunkristieši” jau bija mobilizējušies (acīmredzot arī Diogu da Silvas demisija bija viņu panākums) un nosūtīja uz Romu savu uzticības personu Duarti da Pazu, lai viņš uzpērk pāvesta galmu un panāk inkvizīcijas atcelšanu Portugālē. Un to arī izdevās panākt! 1532. gada 17. oktobrī pāvests Klements VII izdeva dekrētu, ar kuru uz laiku apturēja inkvizīcijas darbību Portugālē, turklāt nosūtot uz Lisabonu savu īpašo nunciju, kuram bija jāizmeklē visa tās iepriekšējā darbība.
Taču karalis Žuans III sāka visos iespējamos veidos kavēt nuncija ierašanos valstī, tāpēc pāvests 1533. gada 7. aprīlī izdeva īpašu bullu Sempiterno Regi, kurā apsūdzēja Portugāles karali par to, ka viņš ar viltu un maldiem noslēpis no pāvesta faktus par vardarbīgu ebreju pievēršanu kristietībai un tādā pašā veidā panācis inkvizīcijas ieviešanu savā valstī. Tajā pašā dokumentā pāvests arī pavēlēja amnestēt un reabilitēt visus tos, kurus inkvizīcija bija apsūdzējusi par jūdaisma piekopšanu, atbrīvot ieslodzītos, atdot konfiscēto īpašumu un atjaunot iepriekšējos amatos. Vēl pāvests izveidoja kardinālu komisiju, kurai tagad bija tomēr ļoti rūpīgi jāizpēta Portugāles inkvizīcijas darbība. Lūk, cik teicami “apbruņota” bija Portugāles “jaunkristiešu” uz Romu nosūtītā uzticības persona!
Bet 1534. gadā pāvests Klements VII nomira, viņa vietā stājās Pāvils III, un Portugāles karalis Žuans III jau vērsās pie viņa ar lūgumu atjaunot valstī inkvizīciju. Taču arī jaunais pāvests atteica, pieprasot atbrīvot joprojām ieslodzītos “jaunkristiešu” inkvizīcijas upurus, ko beidzot 1535. gadā arī nācās izdarīt.
Izšķirošo vārdu šajā strīdā tomēr teica Spānijas karalis Kārlis V. 1536. gadā viņa karaspēks ieņēma Romu un spiediena rezultātā pāvests Pāvils III beidzot piekrita atjaunot Portugālē inkvizīciju. Tiesa, arī šajā reizē viņš nedeva Portugāles karalim pilnu gandarījumu. Ar kārtējo īpašo bullu Pāvils III nozīmēja trīs inkvizitorus Lisabonā un tikai ceturto ļāva izvēlēties pašam Žuanam III. Turklāt inkvizīcijai bija aizliegts desmit gadus konfiscēt tās upuru īpašumu, nākamo trīs gadu laikā tai bija strikti jāievēro laicīgā likumdošana, un, visbeidzot, notiesātajiem piešķīra tiesības iesniegt apelāciju inkvizīcijas augstākajā padomē, par kuras priekšsēdētāju pāvests iecēla pirms četriem gadiem no Portugāles lielinkvizitora amata atteikušos Seutas bīskapu Diogu da Silvu.
Inkvizīcija Portugālē atsāka savu darbību, publicēja uzsaukumu iedzīvotājiem, aicinot īpaši ziņot par tiem, kuri piekopj jūdaismu, kā arī protestantiem, raganām, būrējām un visiem citiem “nelabā kalpiem”. Denuncētājiem apsolīja dažādus apbalvojumus – gan taustāmos, gan, galvenokārt, garīgos.
1540. gada septembrī Portugāles inkvizīcija Lisabonā sarīkoja pirmos autodafē “seansus”, bet kopumā arhīvos saglabājušies vismaz 40 000 izmeklēšanas protokolu. Turpmākajās desmitgadēs un arī simtgadēs autodafē upuru skaits jau kļuva tik liels, ka vairs nebija iespējams noslēpt inkvizīcijas spēka izmantošanu ļaunprātīgos nolūkos, tālab pāvests Inocents XI (1678–1681) savā pēdējā valdīšanas gadā atkal aizliedza Portugāles inkvizīciju. Taču jau 1682. gada janvārī to atkal atjaunoja, inkvizitoriem “nosvinot” šo notikumu vispirms ar nežēlīgu autodafē Koimbrā, bet dažus mēnešus vēlāk ar Portugāles vēsturē sadedzināto skaita un viņu ieņemamā sabiedriskā statusa ziņā slavenāko autodafē Lisabonā. Turklāt īpaši Portugāles inkvizīcijas algoti spiegi vērīgi sekoja arī Portugāles marānu uzvedībai ārpus valsts robežām, un bieži vien tos, kuri tur atklāti piekopa jūdaismu, arestēja un slepus nogādāja Portugālē, kur nodeva inkvizīcijas tiesai.
